以下のようなコマンドを実行すれば解決
http://qiita.com/TsutomuNakamura/items/e15d2c8c02586a7ae572とhttps://wiki.linuxfoundation.org/networking/bridge が参考になった。
echo 0 >/proc/sys/net/bridge/bridge-nf-call-iptables
iptablesがDHCPパケットでもブロックしたようだ。なぜかIPv6は全く問題なく通信できていた。おそらく、DHCPとは違う何らかの方法で自動設定しているからかな。あるいは、ip6tablesが何もしていないからか。iptablesをいじっていないのに、なんでいきなりDHCPが通らなくなったのかは謎である。Docker関連っぽい設定が追加されていた気がするから、Dockerの更新がまずかったのかな。