サスペンドして、復帰すると、カーネルのログにNot a PT3と出力されてPT3が使い物にならなくなる。BIOSの更新を行なった後に発生したので、多分BIOSの更新が関係するとは思うのだが、BIOSのバージョンを元に戻すことができないので謎である。期待せずに、ASUSのサポート（代理店）に問い合わせたら期待通りの期待できない回答だった。
PT2の不具合をやっつけたら、今度はPT3で不具合かよ…。
2017/4/6追記：マザーボードを変えても同じ現象が再現した。もしかすると、BIOSが原因では無いのかもしれない。PT3の故障の可能性もありうる気がしてきた。あるいはPT3ドライバか。
2018/8/21追記：
なんとなく検索コンソールみたら2chからリンクを張られていた。参考までに、この問題は、通常GPUを差すPCIe x16スロット（CPUに近い方）にPT3を差し込むことで回避できている。